管理人さんではありませんが・・

もしかして勘違いされているかも知れませんので、確認です。

通常のWAVEでリッピングされる場合、
（つまり、[WAV]ボタンを押してリッピング、または、[アクション]-[選択したトラックをコピー]-[無圧縮]でリッピングする場合）
エンコードオプションは関係ありません。なので、設定を気にする必要はありません。

エンコードオプションが関係するのは、[CMP]ボタンを押してリッピング、または、[アクション]-[選択したトラックをコピー]-[圧縮]でリッピング、する場合、です。
通常、エンコードはMP3やFLACなどにする場合に行います。リッピングしたWAVEを別のWAVEにエンコードすることはほとんど行われていないと思います。

このようなエンコードにはまったく詳しくないので、試してみました。
元のWAVEと同じ音質にエンコード可能なのは、Fraunhofer IIS MPEG Layer-3 Codec(decode only)とMicrosoft PCM Converter だけのようでした（WaveCompare　http://efu.jp.net/soft/wc/wc.html　で確認）。

エンコードオプションの中にあるWaveフォーマットの設定はどうすればよいのでしょうか？